La creación de la Universidad data desde que el Lic. Alberto Trueba Urbina fue electo gobernador del estado de Campeche para el sexenio 1955-1961, ya que vió con claridad la caída del estado en materia educativa. Por esa razón, el 7 de agosto de 1957, en el apartado de "Educación y Cultura" de su Segundo Informe de Gobierno, manifestó su deseo de crear una auténtica Universidad. Con la fundación de la Universidad de Campeche, se intenta sistematizar el proceso educativo en el estado, con la misión de promover el crecimiento del estado en todos sus rubros.

Posteriormente, el 7 de agosto de 1962 en el Primer Informe del Lic. José Ortiz Ávila, dejó en claro su política sobre la educación, y entre 1963 y 1964, se desarrolló una actividad febril para poner en funcionamiento las instalaciones de la nueva Máxima Casa de Estudios. El 7 de agosto de 1964, en su Tercer Informe de Gobierno, el Lic. Ortiz Ávila informó al pueblo campechano de las obras realizadas en lo que ya se delineaba como la Ciudad Universitaria.

El 7 de agosto de 1965 se inauguró formalmente la Universidad del Sudeste y se constituyó como tal. El 20 de noviembre de 1965, el gobernador Ortiz Ávila, dió posesión a los nuevos directivos de la Universidad del Sudeste.

En 1989, cuando el rector Tirso R. de la Gala Guerrero a escasos dos años de su gestión, hizo realidad su inquietud personal compartida también por muchos campechanos, de cambiar de denominación a la Universidad. Con la intención de situarla en su entorno geográfico y consciente de la necesidad de hacer un lado cualquier vaga connotación, el gobernador Abelardo Carrillo Zavala turnó la iniciativa correspondiente al Congreso del Estado, y el 20 de octubre de 1989 la Universidad Autónoma del Sudeste recibía el nombre de Universidad Autónoma de Campeche, que en la actualidad lleva el mismo nombre.